K určení stratigrafie byly mikroskopem sledovány vržené stíny v oblasti, kde se kříží vrstva rumělková a miniová. Na str. 12 tiskem vydaného Protokolu, případně v hypertextové mutaci Protokolu stojí:
"Podrobným mikroskopováním za různých zvětšení a různých úhlů osvětlení bylo nepochybně zjištěno, že miniová vrstva je spodní-starší, protože při velmi šikmém, kontrastním osvětlení vrhá rumělková vrstva stín na vrstvu miniovou."
Uvedená dedukce z vrženého stínu je mylná. Vržený stín nemůže vypovídat o tom, která z barev je vrchní, ale jen o tom , která z vrstev dosahuje v daném okolí větší výše. Můžeme si totiž snadno představit tyto možnosti:
V obou případech vrstva X vrhá stín na vrstvu Y, ačkoli jednou je vrchní a podruhé spodní. Interpretace pozorovaných skutečností je tedy pochybená. O tlouštce miniové barvy se vyjádřil Corda. V Protokolech nenacházíme žádné údaje o tlouštce zkoumaných vrstev. Setkáváme se jen s mnohokrát opakovanými formulacemi typu "podrobným mikroskopováním zjištěno", "mikroskopováním pod různými úhly" a pod. Nikde v Protokole však není kresba či fotografie pro dokumentování líčených skutečností!