Myšlenku na vytvoření společnosti, která by se zabývala obranou napadaných Rukopisů královédvorského a zelenohorského, vyslovil jako první — v souvislosti s tzv. Kuhovou aférou — Pavel Josef Šafařík 15. dubna 1859:
„My, Čechové, nemáme, bohužel, žádného spojení, žádného centrum, žádné České společnosti, žádných mužů, kteříby peněz a pár let na to obětovati mohli a chtěli, by to vše sebrali. Měla by se ta obrana našich památek sebrati, stará i nová, neboť již mnoho psáno, co by také ku vysvětlení přispělo. Nová i stará: nebo ten spor není nový.”
Jistě netušil, že uplyne dlouhých 73 let než jeho myšlenka dojde realizace. Ke vzniku společnosti sdružující obránce a zájemce o RKZ nedošlo ani za velkých Rukopisných bojů v letech 1886—1887. Definitivní tečkou, jímž měl být spor o RKZ umlčen, mělo být Prohlášení o vyřešení otázky rukopisné — tzv. Silvestrovský manifest — publikované 31. prosince 1911 v Národních listech, podepsané 52 realistickými vědci. Kroky obránců, kteří se v té době zaktivizovali a mezi něž tehdy patřili především F. Kolda, D. Žunkovič a J. Letošník, však přerušila I. světová válka. Významným se stalo především vystoupení dvojnásobného rektora University Karlovy, filosofa a fysiologa profesora Františka Mareše. Poprvé se Mareš Rukopisů dotkl již roku 1906. Na jaře roku 1918 se pak stal členem tzv. rukopisné komise, která se měla obranou RKZ zabývat. Její činnost byla však samotným Marešem pozastavena, aby nemohlo být jejích výsledků zneužito rakouskými úřady proti T. G. Masarykovi, jenž v té době jednal v zahraničí o samostatnosti českých zemí. Znovu v rukopisné otázce vystoupil Mareš až roku 1927, kdy napadl vědecké metody odpůrců Rukopisů a záhy se stal největší autoritou na poli novodobé obrany RKZ.
Vedle Mareše patřili k nejvýznamnějším obráncům té doby především Jan Vrzalík, Vladimír Zákrejs, Karel Andrlík, Ladislav Matoušek, Václav Perek a Karel Třeska. Velkým přínosem rukopisné obraně byly práce Viktorina Vojtěcha, profesora fotografie a fotochemie UK, který prováděl v letech 1914 a 1927—1929 fotografický průzkum RKZ, jehož výsledky potvrdily vysoké stáří rukopisů a z Vojtěcha-odpůrce se stal Vojtěch-obránce.
V letech 1926—1927 byl založen Rukopisný fond vědecký, určený k prozkoumání některých otázek dosud sporných, důležitých pro posouzení pravosti naší nejstarší památky rukopisné K a Z rukopisu. Významným počinem fondu, jenž se později stal součástí ČSR, bylo pořízení jubilejního vydání RKZ.
První jednání o založení Československé společnosti rukopisné proběhlo 13. prosince 1931, kdy se v bytě profesora Mareše konala schůzka, na níž bylo rozhodnuto o vypracování stanov a získání úředního schválení. Hlavním iniciátorem se stává JUDr. Václav Perek, který na základě stanov Československé astronomické společnosti vypracoval první stanovy ČSR a podal příslušné žádosti. Ministerstvo vnitra pak dalo schválení vzniku společnosti na vědomí dopisem ze dne 26. října 1932. Ustavující valná hromada Československé společnosti rukopisné se konala 20. listopadu 1932 v Měšťanské besedě ve Vladislavově ulici. Cílem nově založeného přísně nepolitického občanského sdružení se stalo „šíření a popularizování vědeckého bádání o starodávných rukopisech kulturních vůbec, zvláště pak o rukopisech slovanských, zejména českých”.
Prvním předsedou ČSR byl na ustavující valné hromadě zvolen JUDr. Václav Perek. Počáteční období po založení Společnosti bylo věnováno především vnitřním záležitostem ČSR, začaly se konat pravidelné schůzky, byly plánovány možnosti vedení obrany Rukopisů. Významným počinem bylo navázání kontaktu s profesorem Viktorinem Vojtěchem, který se stal záhy členem ČSR a velmi brzy i jejím druhým předsedou. Společnost pořádala přednášky, exkurse, shromažďovala knihovnu a vydávala periodický časopis Zprávy Československé společnosti rukopisné.
V roce 1939 došlo i založení odbočky ČSR v Brně, jejímž hlavním iniciátorem byl moravský archeolog František Adámek, předsedou odbočky se stal profesor Karel Absolon.
Do poměrně slibně se rozvíjejících aktivit ČSR však zasáhly události roku 1938 a 1939 a posléze II. světové války, které přirozeně problematiku RKZ odsunuly na druhé místo. Po pohnutých událostech Mnichovských vydala v lednu 1939 společnost provolání Českému národu v němž připomíná národu RKZ, které „v ... hlubokém zklamání a pokoření byly zdrojem dávné tradice domácí, které v době poroby probudily jeho sebevědomí a obrodily všechen jeho kulturní život”. Za toto provolání se Společnosti dostalo nadšeného poděkování českého tisku i veřejnosti.
Československá společnost rukopisná, přejmenovaná po Mnichovu na Českou společnost rukopisnou, se snažila svou činnost vykonávat i za války, ale zejména po roce 1941 její činnost takřka utichla.
V lednu 1939 rezignoval V. Vojtěch ze zdravotních důvodů na předsednickou funkci a v pořadí třetím předsedou se stal Ing. Vilém Götzl. Během Protektorátu podnikli Němci řadu útoků proti RKZ; přesto se Společnost pokoušela dále vyvíjet svoji aktivitu. Ze strany úřadů jí však byly kladeny různé překážky. V roce 1940 se předsednictví ČSR znovu ujal Viktorin Vojtěch, ale po opětovném zhoršení jeho zdravotního stavu vykonával předsednictví prakticky úřadující místopředseda Vilém Götzl.
V květnu 1941 pak přichází zákaz vydávání Zpráv, jenž znamenal faktické utlumení činnosti Společnosti, zejména po nástupu Heydrichově. Z aktivit se podařilo udržet jen korespondenční styk a příležitostné schůzky členů.
První snahy o obnovení činnosti Společnosti se datují již do jara 1945. První řádná valná hromada se konala 11. listopadu 1945. Byly obnoveny pravidelné schůzky a přednášková činnost. První komplikace se objevily při snaze o obnovení vydávání Zpráv. Ty byly nejprve na nátlak úřadů přejmenovány na Oběžník, ale vyšla jen dvě čísla a vydávání bylo opět zakázáno. Poté vycházely Zprávy jen v cyklostylované podobě.
Po roce 1948 nastal pro rukopisnou obranu vysloveně nepříznivý čas. Po smrti předsedy Götzla v roce 1950, stanul v čele společnosti MUDr. Jan Hlávka. V roce 1951 pak došlo k vydání Zákona o dobrovolných organisacích a shromážděních (68/1951 Sb.), jehož cílem bylo zredukovat počet existujících spolků. Společnost nemohla dále existovat jako samostatná organizace a mimořádná valná hromada se dne 20. května 1952 rozhodla pro dobrovolný zánik ČSR. Poslední schůze likvidačního výboru se konala 9. prosince 1952. V době svého zániku měla Společnost 311 členů. Finanční hotovost byla převedena státní pokladně, knihovna a archiv uloženy jako deponát v Archivu hl. m. Prahy.
Po zániku Společnosti udržovali bývalí členové společnosti ale i další zájemci o RKZ alespoň písemný, a někteří i osobní styk. Publikační možnosti rukopisné obrany byly prakticky nulové. K jistému obnovení zájmu o Rukopisnou problematiku došlo až v polovině 60. let.
V roce 1991 založil Ing. Jiří Urban, syn jednoho z významných obránců a bývalého jednatele ČSR Ing. Karla Urbana, nakladatelství Neklan, které vydalo mj. zásadní obranné práce PhDr. Julia Enderse a vydávalo Almanach rukopisné obrany. Urban zároveň vytvořil i Klub přátel Rukopisů, prostřednictvím něhož se navázaly nové kontakty mezi zájemci o Rukopisnou problematiku.
Z iniciativy Klubu došlo 21. března 1993 k zorganizování obnovující valné hromady České společnosti rukopisné v restauraci U Zvonu v Praze-Košířích. Členem Společnosti se stal mj. i člen bývalé ČSR František Svátek, jenž tak zprostředkoval právní kontinuitu. Valné hromady se zúčastnilo 12 osob, za předsedu obnovené Společnosti byl zvolen Ing. Jiří Urban.
Činnost současné České společnosti rukopisné se zaměřuje jak na popularizaci poznatků o RKZ a dalších sporných památkách, tak na vlastní badatelskou činnost. Konají se pravidelné pracovní schůzky, pořádají přednášky, rozvíjí se internetové stránky. K významnému počinu patří i obnovení vydávání Zpráv jako registrovaného periodika, na jejichž stránkách lze nalézt detaily o činnosti ČSR.